石硤龍眼原種出自廣西壯族自治區平南縣大新鎮。平南縣的108株石硤龍眼母樹是早年留學日本早稻田大學的覃敬清先生在1929年選育的龍眼優質品種。
相傳在平南大新鎮新和街，有一座高大的石山，石山下有一顆龍眼樹，果質很好，當地人稱為“長壽果”。上世紀20年代，大新上垌村舉人覃竹饒之子覃敬清，留學日本早稻田大學，畢業回國后，他帶回一些黃欖、銀稔良種，在大新購置了近千畝土地，辟為果園。一天，聽母親提到新和石山的“長壽果”，他便去察看。來到石山，細看那棵龍眼樹，樹從石縫之間鉆出，樹干有碗口粗，樹冠像大傘，樹葉青綠茂密，果滿枝頭。摘下幾顆“長壽果”品嘗，果大肉厚，晶瑩剔透，爽脆清甜，而且糖分高水分少，果真為果中珍品。覃敬清如獲至寶。后來，他利用在日本留學時學到的果樹嫁接技術，用石山上的那棵龍眼樹，成功嫁接培植了108株龍眼樹苗。這108棵龍眼樹，便是廣西石硤龍眼的母本樹，現存于母本園中，由廣西三桂食品有限公司代管。
母本園所在地叫大南農場，也叫中舉嶺。三桂食品有限公司的董事長王德成是本地人，生于大新鎮北段村，后移居香港。對石硤龍眼的“嫡祖”，他有自己的看法：“龍眼原產中國，已有2000多年的種植歷史，品種有烏圓、石硤、水眼、米仔眼、圓眼等等，其中以石硤龍眼最為出名。‘石硤’這一名稱的由來有多種說法：有人認為石硤也即石夾，最早的石硤龍眼樹是從大石縫中長出來的，由于樹根被大石夾住，只好往深土層里鉆，樹根吸收了地下的精氣，結出來的龍眼果就特別好吃；有人則認為石硤龍眼肉質脆爽，外形略扁，樣子像小石子，所以叫石硤。香港、廣東、廣西都有優質石硤龍眼的出產地，像廣州市海珠區一些村莊種植石硤龍眼的歷史有一百多年，清朝就有記載。平南的品種，應該是從廣東傳過來的。”
王德成說，小時候當地龍眼并不叫石硤龍眼，本地人都叫沙囊龍眼。上世紀80年代，廣東種植戶來母本園參觀、品嘗之后認定，沙囊龍眼和東莞的石硤龍眼是同一品種，于是沙囊龍眼改叫石硤龍眼。
