臭豆腐“聞著臭”是因為豆腐在發酵淹制和后發酵的過程中，其中所含蛋白質在蛋白酶的作用下分解，所含的硫氨基酸也充分水解，產生一種叫硫化氫(H2S)的化合物，這種化合物具有刺鼻的臭味。在蛋白質分解后，即產生氨基酸，而氨基酸又具有鮮美的滋味，故“吃著香”。
臭豆腐聞起來臭、吃起來香，有些人對它敬而遠之，有些人則將吃它當成了一種嗜好。其實，臭豆腐屬于發酵豆制品，制作過程中不僅會產生一定的腐敗物質，還容易受到細菌污染，從健康角度考慮，還是少吃為好。
研究證明，豆制品在發酵過程中會產生甲胺、腐胺、色胺等胺類物質以及硫化氫。它們具有一股特殊的臭味和很強的揮發性，多吃對健康并無益處。此外，胺類物質存放時間長了，還可能與亞硝酸鹽作用，生成強致癌物亞硝胺。
臭豆腐雖小，但制作流程卻比較復雜，必須經過油炸、加鹵和發酵等幾道程序。在整個制作過程中，要求一直在自然條件下進行，而且對溫度和濕度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害細菌的污染，輕者會引發人體胃腸道疾病，重者還會導致肉毒桿菌大量繁殖，產生一種有毒物質——肉毒毒素。這是一種嗜神經毒素，毒力極強，近年來曾報道過的臭豆腐中毒事件，就是由這種毒素引起的的。
其實，臭豆腐也不是一無是處，它在制作過程中，能合成大量維生素B12。人體缺乏維生素B12，會加速大腦老化，容易引起老年性癡呆。不過，維生素B12在肉、蛋、奶、魚、蝦等很多動物性食物中都存在，與這些優點比起來，臭豆腐的缺點更應該引起人們的注意。
如果對臭豆腐真的難以割舍，建議大家吃時最好多吃新鮮的蔬菜和水果。它們含有的維生素C可阻斷亞硝胺生成。
