南京的臭豆腐可分為兩種，一種是灰白的嫩豆腐，一種是瓦灰的豆腐干。嫩臭豆腐下到油鍋里炸至金黃色，就可以起鍋，吃的時候澆上一些辣椒醬、芝麻醬、蒜汁、香菜、小蔥、姜末，吃起來外脆內酥軟，味道香濃；灰色的臭豆腐干子，在油里炸的時間需稍久一些，才能炸得透，隨著誘人的臭味彌漫開來，豆腐干的表面就會起小泡泡，待色轉變成灰黑色，就可以吃了。這樣的臭豆腐干子一般切成小塊，串在竹簽上，炸熟后直接刷上攤主備下的調味醬，趁熱食之，香脆可口，頗有嚼頭。
南京高淳的臭豆腐在做法上也有些與眾不同。先用上好的黃豆制成水豆腐，然后把白嫩的水豆腐壓制成白白的豆腐干子；再把豆腐干加入到一種鹵液中。此處的鹵液是最有講究的，需要用隔年留下的爛咸菜汁做成，純綠色、純天然，沒有添加任何色素，散發出來的是很自然的臭味。把盛放的壇子封好口，再埋到地底下，數天之后取出，白豆腐已成青墨色的臭豆腐干了。掰開豆腐干，可以看到從里面到外面，都是青墨色，聞聞奇臭，炸熟后入口卻又是奇香無比。這種地道的臭豆腐，近年來已經快在市場上絕跡，出售的多是些仿制的贗品。
